Som Pavens fremste  representant i Norge forsvarte erkebiskopen etter beste evne katolske interesser i landet ovenfor kongen. Kong Kristian III fikk imidlertid innsatt trofaste danske adelsmenn i sentrale stillinger i Norge, og kunne tvinge gjennom reformasjonen ved at de katolske biskopene, også erkebiskopen, ble avsatt og erstattet av nye lutherske biskoper. 

Med erkebiskopen ute av bildet sto Norge uten noen sterk maktskikkelse, og landets politiske selvstendighet i forhold til Danmark kunne reduseres betraktelig. Norge ble nå i realiteten en provins i Danmark frem til unionsoppløsningen i 1814.

Det økende presset fra kongemakten gjorde at erkebiskopen på 1420-tallet bygget et moderne borganlegg på Steinvikholmen i Trondheimsfjorden som tilfluktssted, siden Erkebispegården som befestet anlegg hadde flere svakheter. 

I 1537 sendte kong Kristian III en stor militær styrke til Norge for å beleire Steinvikholm. Erkebiskopen var underlegen, og flyktet til Nederland for å søke støtte hos den tysk-romerske keiseren som var katolikk. Han fikk imidlertid ingen støtte, og døde i 1538 i landflyktighet. Steinvikholmen kapitulerte og reformasjonen var dermed gjennomført i Norge.