Wagnerorgelet er et barokkorgel, plassert i nordre tverrskip. Det ble bygd av orgelbygger Joachim Wagner og stod ferdig i 1741.
Wagner ble regnet som en av tysk barokks store orgelbyggere. Foruten dette instrumentet, er det få av hans orgler som er i behold. Alle de øvrige er i området rundt Berlin.
I 1994 ble orgelet sendt til Tyskland for restaurering og rekonstruksjon. Instrumentet ble tilbakeført til sin originale stemmeprakt. Wagnerorgelet er internasjonalt kjent som et fremragende instrument for det klassiske reportoaret.
Hver lørdag 13.30 er det gratis orgelmeditasjon i Nidaros domkirke. I løpet av året er det flere orgelkonserter og korkonserter med orgelet.